外界關切香港法院指派清算（盤）人處理台灣《蘋果日報》資產，《蘋果日報》20年重要資料檔案恐外洩造成國安危機。
對此，台灣文化部12月20日表示，已多次召開會議就各法規面向密切討論，同時函令台灣《蘋果日報》「不得跨境傳輸所保有的所有個人資料」。
文化部指出，早在報載香港政府向香港法院提出清算台灣《蘋果日報》申請之時，文化部即多次召開會議就各法規面向密切討論，同時去函台灣《蘋果日報》表達文化部願意全力協助之意，以及函請國發會就《個人資料保護法》提供法律解釋，經嚴謹審慎考慮新聞自由價值及個資保護的平衡與界限後，且參酌民間團體陳情及建議，文化部提出以下回應及方案。
首先，台灣作為一主權獨立國家，依據《港澳條例》42條及《民事訴訟法》402條規定，香港法院的裁判在台灣法院裁定同意前並無效力。亦即指定清算（盤）人必須向台灣法院聲請，且在台灣法院裁定同意前，台灣《蘋果日報》依法應拒絕香港法院及指定清算（盤）人的任何指令及要求。
其次，中共政府對言論自由及個人資料的保護不善舉世皆知，同時，慣常運用個資進行分化、打擊及報復，從香港《蘋果日報》創辦人黎智英至記者被拘捕判刑、公司資產遭凍結致被迫停刊，皆是台灣《蘋果日報》的前車之鑑。為保護國家利益及台灣《蘋果日報》所保有個資的所有當事人權益，文化部依《個資法》第21條規定，限制台灣《蘋果日報》「不得跨境傳輸所保有的所有個人資料」。
此外，為積極維護台灣《蘋果日報》所保有個人資料的當事人權益，文化部將請《蘋果日報》依據《個資法》第11條規定，應主動或依當事人請求後銷毀所保有的個資，相關申請程序若需建立平台或其它衍生費用，文化部將予以協助支應。＃
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