在港府火速推動，加上清一色的立法會積極配合下，《基本法》23條立法進度超速，僅用39小時就在周三（13日）完成逐條審議，並在翌日完成修正案審議，預備交付大會恢復二讀及三讀。但是審議過程中，就宗教人士在告解或輔導時，就叛國罪知情不報，不獲豁免舉報責任，卻引起國安掛帥的一片肅殺氣氛下，少見的爭議。有多名國際宗教自由學者認為當局的安排，直接威脅宗教自由。天主教香港教區則表明，23條立法「不會改變教會一貫以來施行的告解（修和聖事）的保密性」。
擬議23條立法中的「隱匿叛國」罪條文列明，如任何中國公民知悉另一人已犯、正犯或即將犯「叛國」罪，須在事宜後，在合理可行範圍內，儘快向警方披露，否則屬犯罪，即知情不報有罪。
本身是牧師的選委界立法會議員管浩鳴，7日在立法會的小組委員會上，問到神職人員接受信徒告解，屬於秘密，如果不披露會否觸犯法律。律政司司長林定國當時回應，「隱匿叛國」罪的執法範圍非常清晰，「相對有針對性」，例如有人告解時表示「我明天準備去找一隊軍隊，推翻香港特區或者打國家」，但相信此等情況出現的可能性較低。
至於為何法律專業有保密權，但宗教界沒有，林解釋是因為觸及到《基本法》或《香港人權法案》中，任何人都有去諮詢法律意見的權利。至於其他情況下，例如宗教界或社工等人士，「那方面我們很難去做一些例外」。他強調，「叛國是很嚴肅的事情」，若國家「危在旦夕」，大家都要平衡，履行效忠的義務。
時事評論員黃毓民在其網上節目形容23條立法「遇神殺神，遇佛殺佛」，「上帝都夠膽冒犯」，是「魔鬼的法例」，認為情況可怕。他又認為，以香港700萬人口，有兩部國安法律是瘋狂。
神父：我不會出賣天主
天主教神父羅國輝其後向基督教傳媒「時代論壇」稱，告解屬於秘密，是信徒向天主懺悔，無論如何都不能透露，並指神父已經習慣離開告解房間後就忘記內容，教會的責任是幫告解者見到天主的慈悲，神父可以勸人悔改。
至於因此會否令神父有機會誤墮法網，羅強調「你就剁吧，我不會出賣天主的」。
國際團體譴責：籲教宗等宗教領袖發聲
到13日，16名國際宗教自由專家、人權團體及相關人士發聯署聲明，稱對港府擬定的23條立法條文的潛在影響，表示「強烈而嚴重憂慮」，認為當局的安排直接威脅宗教自由，可能會迫使神職人員洩露告解內容，違背自己的意願和良知，並且徹底侵犯告解者的私隱，明顯違反《世界人權宣言》第18條，並認為港府的舉動，必須受到全世界不論有無信仰、有良知的人譴責。
《世界人權宣言》第18條提到，「人人有思想、良心和宗教自由的權利；此項權利包括改變他的宗教或信仰的自由，以及單獨或集體、公開或秘密地以教義、實踐、禮拜和戒律表示他的宗教或信仰的自由。」
聲明呼籲國際社會立即採取緊急集體行動，捍衛香港的宗教、信仰自由，並點名希望教宗方濟各和梵蒂岡、英國的坎特伯雷大主教，與所有其他全球的宗教領袖發聲，確保23條立法不會進一步違反香港人的宗教或信仰自由、言論自由與加強約束宗教界人士。
但是港府卻發表近千字的稿件，形容上述聲明是「抹黑」。
天主教香港教區一周後回應 教宗曾強調告解保密重要性
事隔一周，天主教香港教區在15日發聲明，稱回應社會對告解關注，表示認同作為公民有義務保障國家安全，但表明23條立法「不會改變教會一貫以來施行的告解（修和聖事）的保密性」。
聲明發出後，保安局局長鄧炳強被問到，神職人員沒有舉報告解的人士，是否真的會觸犯隱匿叛國罪，神職人員是否有豁免，鄧並未有正面回應，只稱他「非常尊重宗教自由」，相信任何人只要在遵守法例的情況下，從事任何活動都受到保障。
翻查《天主教法典》中關於告解的條文，當中第983條列明，「告解聖事的秘密是不可侵犯的；所以聽告解者不得以言語，或其他任何方式，和藉任何理由揭發懺悔人。」第984條則記載「嚴禁聽告解人，利用自告解中所獲得對懺悔者有害的知識，即使無任何洩密危險亦不得利用。」
另一方面，教宗方濟各曾經在2019年3月29日，接見宗座聖赦院的學員時，稱修和聖事（告解）是「與救恩有關的真實會晤」，是人們常常有歸向上主的機會，並形容告解是「一項寶庫，教會的智慧始終以她全部的倫理和法律力量給予保護，賦予其聖事的保密性」。
教宗並稱，告解對聖事的神聖性和懺悔者的良心自由而言，至關重要，「聖事中的談話始終是告解亭中的秘密，屬於個人良心範疇，乃是人的良心通過神父必不可少的媒介向天主的恩寵開放。聖事的保密性至關重要，一切人的權力都無權對其管轄，也不能對其提出要求。」
時事評論員蕭若元在其網上節目表示，如果每一件事神父都會去舉報，「就無人會去告解，告解這件事就根本不會發生」，對當局能夠拘捕罪犯沒有幫助；反而因為缺少告解，神父沒有機會教導相關人士不要再做，亦因為「沒有『原諒』這回事，他會繼續做下去」，罪行會增多。@
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