針對中共把台灣排除在世衛組織（WHO）之外，中華民國外交部2月4日指責中共充份展現橫蠻無理的邪惡本質，外交部發言人甌江安表示，「疾病無國界」，「政治不能凌駕在人類的健康跟安全之上」。
另外，對於中共國台辦稱台灣獲肺炎資訊無障礙，台灣陸委會也批評國台辦所言非事實。
中共外交部發言人華春瑩2020年2月3日表示，WHO是由主權國家組成的聯合國專門機構，台灣參與WHO等國際組織活動，必須在「一個中國（中共）」原則下通過兩岸協商作出安排。
中華民國外交部發言人歐江安表示，中共外交部罔顧兩岸互不隸屬的政治現實，無視中共肺炎（俗稱武漢肺炎、新冠肺炎）疫情對包括台灣2,300萬人在內的全球人民造成的嚴重威脅，仍持續以虛構的「一個中國（中共）原則」，作為台灣參與包括WHO等國際組織的政治前提，無異對台灣人民遂行政治勒索，充份展現中共橫蠻無理的邪惡本質。中華民國外交部表達最嚴正的抗議及不滿。
歐江安指出，台灣雖已在《國際衛生條例》（IHR）的架構下與WHO建立聯繫管道，但WHO始終礙於中共的壓力，對台灣要求提供更多疫情資訊的訴求均未做具體回應，也不邀請台灣專家參加防疫相關的「緊急委員會」會議，使台灣無法即時完整取得最新疫情發展，並深入參與防治方式的討論。
此外，歐江安說，對於中華民國政府所提供的國內確診病例，WHO竟基於政治考慮，將台灣資訊列在中共項下，造成其它國家的誤解，因而禁止中華民國籍航空公司班機及國人入境，造成台灣極大困擾並嚴重損害台灣人民的權益。
歐江安重申，中共未曾有一天管轄過台灣，台灣也絕對不是中共的一部份。只有台灣的民選政府，才能在國際社會代表台灣2,300萬人民，以及負責任地照顧台灣人民的健康福祉。
歐江安呼籲，國際社會認清中共政權邪惡的本質與併吞台灣的不當意圖，挺身支持台灣平等參與國際組織及國際事務的正當權益；並要求所有國際組織堅守專業、中立的立場，保障台灣完整無礙地參與所有國際會議、機制與活動。
陸委會則表示，針對中共國台辦及北京代表在WHO執委會不斷聲稱在其「一中原則」下，台灣與國際社會溝通管道是暢通等節，均與事實不符，台灣表達嚴正抗議。
陸委會強調，台灣從來不是中共的一部份，中共政權不能代表台灣。中共以其片面設定的政治前提，阻撓台灣參與WHO及活動，更排除台灣專家出席WHO中共肺炎緊急會議，使台灣無法獲得即時及充份的全球防疫資訊，這是鐵的事實。
陸委會表示，兩岸雙邊在協議下的通報合作，不代表台灣就不需要參與WHO。中共在WHO進行的政治操作，傷害台灣民眾權益，更可能造成國際防疫缺口，增加全球公衛風險。中華民國政府呼籲中共當局，應正視台灣民眾生命健康安全，立即排除台灣參與WHO的政治干擾，台灣也將積極爭取國際各方支持。
台灣目前中共肺炎確診病例為11例。外交部表示，因應中共肺炎疫情持續擴大，為確保國內公衛安全，強化人流入境控管，台灣將自2月7日起，針對14日內曾經入境或居住於中國大陸的外籍人士，採取入境限制及簽證管制措施。此前，台灣禁止中國公民入境，但不包括香港和澳門人。
另一方面，中國爆發2019新型冠狀病毒疫情後，世界衛生組織因「反應遲鈍」、「輕描淡寫」而引來非議。網友近日在請願網站Change.org發起聯署，要求世衛秘書長譚德塞下台，已獲逾20萬人聯署。請願書還說世衛不應排除台灣。#
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