北京迅速發展地鐵建設造成許多不為外界所知的影響和損失，其中由4號線列車運行引發的蝴蝶效應，使得北京大學約4億元（人民幣，下同）的精密儀器受振動影響而不能正常使用。
據《中國青年報》報道，北京大學內精密儀器總值約有11億元，其中有約4億元的儀器受到來自列車運行時振動的影響，其中有一個價值數百萬元的電子顯微鏡的畫面，在顯示時也因振動而變得模糊不清。
報道說，北京地鐵的規模增長迅速，至2020年可達近千公里，屆時，北京將有約1000列列車同時運行，由此產生的問題是，重量超過100噸的列車在行駛時會變成一個巨大的振動源，而振動則會擴散到地表並進入建築物。
在由地鐵引發的振動中，對精密儀器干擾最嚴重的是低頻振動。北大環境振動監測與評估實驗室主任雷軍曾進行測量，結果發現，離地鐵100米內的地表振動強度，比沒有列車通過時提高30倍至100倍。
北京交通大學也作出測試，結果顯示，十餘年來，北京市距地鐵100米以內的地層微振動已提高近10倍。
據報道，2003年北京4號線公佈了方案，將貼北大東門一直向北延伸。地鐵線兩邊緊密分佈著北大和幾大理工科學院及眾多重要實驗室，北大相當一部分精密儀器集中在這些科研樓中。有學者提醒北大，需研究地鐵對精密儀器是否有影響。
在隨後的時間裏，北大與地鐵方數次談判，雖採取一些措施，但至今仍無法減少對精密儀器的影響。問題的癥結也自然糾結到，科研單位的精密儀器往往購置在先，地鐵規劃方案在後，且在形成時卻沒有考慮相關影響。
報道說，至2019年，距北大綜合科研樓僅有600米遠的北京地鐵16號將全線開通，屆時北大將被夾擊。振動技術研究中心工程師左漢文稱，目前最好的方案是，除了在軌道下鋪設鋼彈簧浮置板，同時在儀器樓修建之初裝上靠彈簧撐起來的隔振支架。如果樓已竣工，只能在每一台儀器下加裝減振台，但此項工程耗資巨大。
北大實驗室與設備管理部環境保護辦公室主任張志強估計，北大需要減振的儀器「在幾十上百個這樣的數量級」。
受地鐵影響的同時還有清華大學，臨近的地鐵線一旦開通，對兩所大學中的精密儀器將是災難性打擊，這些精密儀器很可能無法在最高精度下正常工作。
據悉，早在1955年，京張鐵路位於清華校園同側，振動曾嚴重干擾科研，在清華大學的爭取下，鐵路線向東遷了800米。
面臨地鐵振動干擾的科研單位還有中國科學院、復旦大學、南京大學、首都醫科大學、鄭州大學醫學院，中國科學技術大學、浙江大學、南通大學周邊也即將修建地鐵。
另還有985所高校沒經太多考慮，直接在同意地鐵建設的檔案上蓋了章，有的高校遭遇了損失，也不願意公開。
中國地鐵自上世紀90年代起就在各地蜂擁而上，曾被外界指好似又一場大躍進，隨之帶來的問題是，因強行上馬造成盲目投資、亂挖亂採、偷工減料等，所造成的影響和損失無法估量，地鐵也成為貪官污吏掠奪錢財的避風港。
各地「豆腐渣工程」頻頻被曝光，比如上海地鐵8號線站內突然發生大面積天花板脫落事故、西安地鐵3號線被曝電纜偷工減料、長沙地鐵2號線僅運營兩年就出現主體結構開裂和滲漏的問題等等。
除了京滬廣等一線城市，2017年6月，大陸多個二線城市地方政府也宣佈大規模修建地鐵工程，預計未來三年多的相關投資在6萬億元人民幣，而這筆巨額投資主要依靠借債，甚至有些地區的投資規模超過財政收入。
《紐約時報》在2017年6月中旬的一篇分析文章中還提到，過多的基礎設施建設是中共官員貪腐的良機。
《中共隱秘財富》一書中披露，江派前常委賈慶林的女婿李伯潭2005年以1億元註冊北京昭德投資有限公司，其投資項目包括金融證券、房地產、能源、基礎設施等。已經落馬的河北省政法委書記張越，在被調查中交代自己曾接受李伯潭的高額賄賂，李伯潭一度傳被禁止出境。
牛津大學管理學教授Atif Ansar於2017年曾表示，中共不受控制的基礎設施建設可能會把國家推向金融危機，這些基礎設施建設中，超過三分之二沒有真正的經濟效益，不能滿足運輸需求，卻積累了大量債務。
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