五十年代初，知識份子「思想改造」運動、「土地改革」、「鎮壓反革命」、「三反五反」等政治運動重疊發生，中國大陸一片恐怖；在「思想改造」的文明詞句的偽裝下，知識份子作為這場運動的目標，面臨著不可抵抗的暴力鎮壓的威脅。
「思想改造」與其他政治運動相結合
1950年6月，毛澤東在中共七屆三中全會的講話中就談到，對知識份子，「要使用他們，同時對他們進行教育和改造。要讓他們學社會發展史，歷史唯物論等幾門課程」。毛所謂的教育和改造除了令大中學校組織教師學習政協三大文件、社會發展史和新民主主義論之外，從1951年秋天開始，組織大批知識份子參加或參觀「抗美援朝」、「土地改革」和「鎮壓反革命」運動，這一場場的血腥運動讓許多知識份子看到了共產黨的殘忍和凶狠，許多人的脊梁骨那個時候就嚇軟了。
1952年1月，全國政協常委會做出《關於展開各界人士思想改造的學習運動的決定》，即讓被改造後的知識份子把中共給他們灌輸的思想推向全國，改造所有人的思想。
從1951年9月30日至1952年12月26日，《人民日報》和《光明日報》等主要報刊發表了大量著名知識份子寫的有關「思想改造」的文章。真正作為「改造」對像在報刊上發表自我批判性文字的，是舊式的非體制知識份子；馮友蘭、梁漱溟、金岳霖、張東蓀、沈從文、錢端升等。
這些非體制的知識份子的自我批判文章，大都是對自己或自己過去所受的教育、所從事的工作的檢討。例如「批判過去協和的一切」，「否定過去」，「從頭學起」，「肅清崇美思想」，「批判我的崇美奴化思想」，「批判我為反動統治階級服務的教育思想」，「檢查我追求教授名位的思想」，「清除我的清高思想」，「批判我的剝削思想」，「斬斷與舊協和的一切聯繫」，「進步包袱是思想的敵人」，「名譽地位給我的毒害」，「我替美帝作宣傳」，「批判我的反動買辦思想」等等。
「思想改造」運動中的華羅庚、潘光旦與顧頡剛
清華大學的「思想改造」運動中兩個特殊的例子，一個是鬥爭華羅庚，一個是鬥爭潘光旦。華羅庚是國際聞名的數學家；從美國回來投奔祖國，不久就碰上「思想改造」運動，他以坦白的心情都盡其所有交代清楚。但最後因為華羅庚還保留著原有的出國護照，未加焚燬，由此引起了對他的無窮的鬥爭，說他有「投靠帝國主義的思想」，為「留後路」的打算。
華羅庚簡直成了「罪人」，在鬥爭會上有口難辨，他看見了這個無情無理不問是非的世界，自己的災難是無窮的，生活在這樣的社會還有甚麼意義，於是選擇自殺。但因為被發現得早，得以保住生命。
清華大學另一個鬥爭的對象潘光旦是全國有名的社會學學者，為人老實厚道，為民主運動奮鬥甚力；早年就加入了民主同盟，多年保持中央常務委員的職位。在「思想改造」運動中，他的檢討大體上是坦白、老實的，而且他的歷史人所周知，也不需要甚麼隱藏；但卻被認為有「思想暗流」，意思就是在表面思想之外，還有隱藏的思想。這一追查，越檢討，越搞不清，潘光旦前後作了八次檢討，被鬥爭的痛哭流涕，最後也是在民盟北京市支部檢討之後過的關。
據當年清華大學學生中英傑回憶：「（思想改造運動之後）教師講課時突然謹小慎微起來了，儘可能照本宣科，閉口免談自己的獨特見解，隨之在晚飯後再也不敢輕易出來散步和學生隨便攀談⋯⋯這些先生們自著或編譯的教材全部作廢，通通改用蘇聯教材和教學大綱。」
著名歷史學家顧頡剛在1951年7月9日日記中說：「此次學習，可怕者三：天正熱，不堪炎熱，一也。刺激太甚，使予接連不得安眠，二也。開會太多，無寫作自我批判之時間，三也。」在1952年7月13日日記中說：「思想改造，一定要寫文章，說過去是如何如何的不好，此於我真是一難題，以向日予自覺是一不做壞事的人也。」
1952年9月12日的日記中寫到：「予失眠自作檢討書起，至今亦月餘矣。學習中終日開會，無寫作之暇，而又不得不做，只得在晚間為之，而予夜中不能工作，一工作即失眠，愈發愈劇，至近日而非服藥兩三次不可，『腦息定』至不生作用。」
「思想改造」運動對中國知識份子的影響
學者劉青峰在《試論文革前中國知識份子道德勇氣的淪喪》一文中認為，中國知識份子的道德勇氣主要來源有三，一是道德勇氣來源於內心；二是道德勇氣來源於文化知識，三是道德勇氣來源於對外在規範的熱忱。而「思想改造」運動正是從上述三方面對知識份子的道德勇氣進行打擊。
劉青峰說：「要摧垮知識份子道德勇氣最有效的辦法是，用否定傳統的道德勇氣三大來源的方法，使他們再也不能利用這些資源，於是傳統的道德勇氣就能藉助於人們下意識中存在的傳統思維方式而被打倒。「思想改造」運動之所以在短短的時間內征服了絕大多數知識份子，正是採用了這種方式。」
學者周鯨文在《風暴十年》一書中闡述，「思想改造」運動用意之一，是打垮知識份子的獨立人格，不讓有超然物外之想；如果你超然物外，就是反對無產階級的領導，另一面就是維護資產階級的思想和政權。「在大會鬥爭是嚴厲的，其瘋狂的程度，不亞於土改鬥地主，在鎮反中鎮壓反革命。通常坐在大會台下的是被鬥爭者的同事、教書先生；是群眾――自己教授的學生。他們指著鼻子罵你，說你骯髒。頑固、舊時代的走狗；你的舊知識是害人的，有毒素的，你全身都是細菌，而你自己還恬不知恥的以此自高自大、自豪、自滿，看你的樣子，簡直都沒有人形。這樣的污辱對一個大學教授來說，其人格的污辱是非常之大的，教師們成了階下囚，學生成了審判員。中國傳統的尊師重道觀念被思想改造一掃而空。」
學者劉再復在《歷史角色的變形：中國現代知識份子的自我迷失》一文中分析，二十世紀的中國知識份子在理性層面和社會實踐層面上，對農民的盲目崇拜，造成了一種不必要的自我貶抑和自我矮化，以至在接受「改造」命題之後無休止地自我踐踏和自我奴役，這就使得自己進一步喪失知識份子的獨立本性，順理成章地變成革命王國的馴服臣民。
他說：「中國知識份子的改造，除了農民化過程之外，還有一個國有化過程。國有化是在經濟國有化的同時，要求精神文化的國有化和個體心靈的國有化。這種國有化的基本內容是通過對『個人主義』的批判，逐步磨滅知識份子的個性、個人生活空間和獨立思考的能力，把他們變成國家機器中的螺絲釘，變成政治服務的工具。」
胡適給劉紹唐《紅色中國的叛徒》寫序時，看了金岳霖在「思想改造」運動中寫的檢查，他說：「是不是毛澤東和他的政權已經很成功的做了一件不可能的事，就是將這一位最倔強的個人主義的中國哲學家的腦給洗乾淨了？還是我們應該向上帝禱告請准許我們的金教授經過了這樣屈辱的坦白以後可以不必再參加『學習會』了。」
胡適說：「許多我們的朋友公開否認北大的傳統；這是在日本鐵蹄之下都沒有經過的苦痛。我們那些老朋友，在思想改造時期，被迫作土地改革，自我批評；而且要所有群眾來批評『自我批評』⋯⋯所有這些公開否認『胡適思想』，檢討『蔡元培思想』的朋友，都是在非人環境的生活中，被壓迫而這樣樣做的。我們應該基於深刻的同情，知道他們沒有說話的自由，也沒有不說話的自由；我們應該體諒，他們所坦白的，絕不是他們心中要說的。」
學者謝泳在《思想改造運動的起源及對中國知識份子的影響》一文中表示，中國知識份子幾乎是在一夜之間，把自己的獨立性全部交了出去，從此以後，一個階層在社會上的獨特地位消失了，中國社會再沒有一種獨立為文化、為道統負責的力量了。「文革」當中，知識份子之間的相互殘殺，不能說與「思想改造」運動的後果沒有關係。
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